EL I.G.B.J., construido y equipado por el gobierno de Japón, en conformidad a las Notas Reversales firmadas el 23 de julio de 1979 entre los gobiernos de Bolivia y Japón en el marco del Convenio sobre Cooperación Técnica en el Campo de la Gastroenterología, suscrito el 26 de noviembre de 1976, entre el Ministerio de Previsión social y Salud Pública y la Agencia de Cooperación Internacional del Japón (JICA), fue inaugurado el 24 de abril de 1981, como parte componente de un solo Proyecto, con sus similares de La Paz y Sucre, como Instituto de Especialidad dependiente del Ministerio de Previsión social y Salud Pública, con gestión económica y administrativa incorporada a la estructura del Ministerio y con facultades para elegir conjuntamente con JICA al personal médico, paramédico y administrativo.

Como consecuencia de la Ley de Participación Popular, la Honorable Alcaldía Municipal, adquiere derecho propietario y competencia administrativa financiera sobre el I.G.B.J., creándose posteriormente el Complejo Hospitalario Viedma que conceptualmente es el conjunto de tres unidades, Hospital Viedma, Hospital Materno Infantil Germán Urquidi y el Instituto de Gastroenterología Boliviano Japonés y en el futuro próximo, el Hospital infantil Manuel Ascencio Villarroel.

Desde su fundación el IGBJ, se ha dedicado en etapas diferentes, a la atención de enfermos, es decir, labor asistencial. Esta fue la primera época del Instituto, en la cual el personal comenzó a recibir la transferencia de tecnología, tanto con capacitación por parte de expertos japoneses de corto y largo plazo, que vinieron a Bolivia, como de profesionales bolivianos que fueron a Japón a recibir entrenamiento en diferentes campos de la Gastroenterología. En aquella primera etapa, la labor del personal básicamente estuvo dedicada a la asistencia médica.